atmega16计数器问题

我设计了一个单片机读取编码器脉冲数来测量机器人行走距离的电路。但是涉及到正反转问题。我将编码器的A项输入到T1计数器上。但是无论电机正反转，TCNT1都加一。我想让电机正转时TCNT1加一，反转时TCNT1相应的减一，这样通过TCNT1的数值，我就知道脉冲数，从而求得机器人行走距离。请问大神，如何让TCNT1减一。我看手册了，他说设置工作模式，但是工作模式中没有我像要得结果啊！正反转之间我有外部中断，可以进行软件设置。求大神赐教！！！